Zrób pełen backup (np SPB Backup) i następnie HR.
Przetestuj sprzęt na czystym ROM-ie to będziesz miał pewność, że żadna aplikacja nie miesza.
Jeśli na czystym ROM-ie będzie to samo to swoje podejrzenia skieruj na sprzęt, a nie na software.
Dziwne, że kalibracja rozjeżdża się samoczynnie i można później ją poprawnie skalibrować.
IMO jakby to była sprawa sprzętowa to miałbyś na stałe przesuniętą kalibrację na matrycy ale nie chcę się wymądrzać.
Spróbuj z backupem i testem na gołym ROM-ie.